Структура
Найвищим органом керівництва Товариства є Загальні збори.
На чолі Товариства стоїть президент (Ю. О. Коловрат-Бутенко), який очолює також Учену раду.
Учена рада є найвищим виконавчим органом Товариства, здійснює керівництво поточними справами.
Заступником президента є віце-президент (Н. О. Вус).
Другим заступником та діловодом є головний учений секретар (О. В. Бондаренко).
До складу Ученої ради за посадою входять президент, віце-президент, канцлер, головний учений секретар та завідувачі відділеннями.
В організаційно-науковому відношенні Зміївське наукове краєзнавче товариство поділяється на сім відділень:
1) суспільно-гуманітарних наук (завідувач Л. П. Хименко);
2) природничих наук (завідувач Ю. І. Кандиба);
3) богослов'я та церковної історії (завідувач О. М. Білозор).
4) мистецтв та літератури (завідувач Г. М. Петровська);
5) Чугуївське (вакансія);
6) Балаклійське (вакансія);
7) Первомайське (Н. О. Вус).
Контрольно-ревізійні функції, а також нагляд за дотриманням законності і додержанням принципів академічності апарату та керівних органів Товариства виконує Наглядова рада (голова – С. М. Куделко) у складі не менше двох осіб.